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基于人工智能的肺癌NOG/PDX模型驱动基因匹配预测 Article
何雅億, 郭皓越, 刁丽, 陈宇, 朱俊杰, Hiran C. Fernando, Diego Gonzalez Rivas, 祁辉, Chunlei Dai, 汤旭蓁, 朱军, 戴家威, 何侃, Dan Chan, 杨洋
《工程（英文）》 2022年 第15卷 第8期 页码 102-114 doi: 10.1016/j.eng.2021.06.017
患者源性肿瘤异种移植物（PDX）是癌症药物发现和筛查的有力工具。在此，本研究建立了53 例肺癌患者的PDX模型，基因型匹配率为79.2%（42/53）。总之，本文建立了一个最佳预测模型来筛选肺癌患者的NOD/Shi-scid白细胞介素-2受体（IL-2R） γnull（NOG）/PDX模型，并为建立预测模型提供了一种通用方法
关键词： 机器学习 患者源性肿瘤异种移植物 NOG小鼠
免疫调节细胞生物学及其在急性移植物抗宿主病预防或治疗中的临床应用 Review
Bruce R. Blazar
《工程（英文）》 2019年 第5卷 第1期 页码 98-105 doi: 10.1016/j.eng.2018.11.016
预防和治疗移植物抗宿主病（GVHD）最常见的方法是尝试耗竭或抑制能介导或支持同种异体反应的T细胞；但这会导致T细胞受体功能缺陷，并因此对感染和肿瘤复发高度敏感。通常通过广泛使用反应性抗体来实现耗竭，而功能损坏通常在使用需长期给药（一般为6个月或更长时间）且具有明显副作用的药物后发生，这种药物可能不会导致供体T细胞对耐调节方案且携带宿主同种抗原的细胞产生耐受性（即无反应性）。虽然这种细胞群通常比较少见，但可通过分离和扩增此类细胞的方法在移植后晚期增补供体移植物或进行输注，来抑制GVHD。
关键词： 移植物抗宿主病（GVHD） 免疫调节细胞 细胞疗法
肝内区域免疫对肝移植后肿瘤复发的影响 Review
刘江, 卢宠茂, 万钧
《工程（英文）》 2022年 第10卷 第3期 页码 57-64 doi: 10.1016/j.eng.2021.11.012
肝脏恶性肿瘤是肝移植的一个主要适应症，但是肝移植后肿瘤复发却是影响受体长期生存的一个严峻临床挑战。而越来越多的证据表明，肝脏缺血再灌注（IR）对同种异体移植物的损伤则为肝移植后的肿瘤细胞侵袭性、转移性
提供了有利的免疫微环境。在活体肝移植中，边缘移植物（如小体积或脂肪移植物）的严重损伤与较低的无复发生存率之间的相关性，证实了IR 损伤与肿瘤复发之间的关联。IR 可引起肝内免疫微环境重构，包括恶化移植物损伤的促炎反应和加快组织修复的抗炎反应。然而，肝内区域免疫对移植后肿瘤复发的作
用尚不清晰。本文详述了IR 损伤诱导的肝内体液微环境和调节性区域免疫微环境，以及它们如何影响肝移植后肿瘤复发的最新研究进展。综合理解移植后肝内区域免疫，将为移植后肿瘤复发提供精准诊断、治疗和预后预测的新策略。
利用异源酶组合构建酿酒酵母中咖啡酸的生物合成 Article
刘岚清, 刘宏, 张伟, 姚明东, 李炳志, 刘夺, 元英进
《工程（英文）》 2019年 第5卷 第2期 页码 287-295 doi: 10.1016/j.eng.2018.11.029
微生物中构建植物源天然产物的生物合成面临着许多挑战，尤其是当需要表达与激活植物源细胞色素P450酶的时候。通过从几种细菌中筛选HpaB和HpaC两种酶，本文在酿酒酵母中构建了具有活性的4-羟基苯乙酸3-羟化酶（4 HPA3H），它可以发挥植物源细胞色素P450酶的相似作用，用于生产咖啡酸。在与一个共同的酪氨酸氨裂解酶（TAL）协同作用下，不同的异源HpaB酶和HpaC酶组合在将底物L-酪氨酸转化为目标产物咖啡酸上展现出不同能力。以铜绿假单胞菌的HpaB酶和肠沙门氏菌的HpaC酶的异源酶组合可生产最高咖啡酸产量，摇瓶培养下可达到（289.4 ± 4.6）mg·L−1。酵母底盘细胞与异源酶的相容性得到了有效的改善，咖啡酸的产量比初始值提高了40倍。
免疫抑制和肝移植 Review
Jan Lerut, Samuele Iesari
《工程（英文）》 2023年 第21卷 第2期 页码 175-187 doi: 10.1016/j.eng.2022.07.007
完美的手术技术和充分的免疫抑制是确保最佳移植物和患者存活的关键。不同药物的可用性导致了一些通常由行业驱动的不同类型的临床试验，以寻找理想的免疫抑制方案。基于钙调神经磷酸酶抑制剂他克莫司、抗代谢药物霉酚酸酯或硫唑嘌呤和短期类固醇（除了可能的诱导外）的三联免疫抑制方案仍然是目前公认的肝移植标准免疫抑制方案。相反，需要一个涵盖患者和移植物存活率以及急性和慢性排斥反应发生率的综合终点。这些免疫现象应根据一系列长期的生物学和组织学随访进行检查。这两个要素对于朝着更谨慎的免疫抑制处理和有利于临床操作耐受性的方向发展至关重要。
SA-RSR：一种适用于异或类纠删码分布式存储系统的数据读取最优恢复方法 Research Articles
张兴军1,梁宁静1,刘云飞1,张长江1,李洋2
《信息与电子工程前沿（英文）》 2022年 第23卷 第6期 页码 858-875 doi: 10.1631/FITEE.2100242
冗余策略经常被用于分布式存储系统，以保证数据的可靠性与可用性。纠删码是一种代表性的冗余策略，具有低存储开销优势，这种优势促进了它在分布式存储系统中的应用。在各种纠删码机制中，异或类纠删码凭借高计算效率变得越来越流行。采用异或类纠删码机制的存储系统，如果发生单节点故障，便会进行数据恢复，该过程需要从幸存节点中下载数据，然后恢复故障节点中的数据。本文提出一种随机搜索恢复算法，SA-RSR，该算法能加速异或类纠删码单节点故障恢复。SA-RSR利用模拟退火技术寻找读取和传输最少数据量的最优恢复机制，且该搜索过程可在多项式时间内完成。最后，为验证该方法的有效性，使用多种异或类纠删码进行仿真验证，并在真实存储系统Ceph中验证。
邓新蒲
《中国工程科学》 2007年 第9卷 第11期 页码 54-62
可观测性分析是单观测器无源定位首先要研究的问题，只有当目标状态 (位置、速度等)是完全可观测的，定位和跟踪问题才能有可靠的、唯一的解。从几何方法、代数方程方法、线性系统方法3方面来阐述单站测角无源定位的状态可观性问题，讨论测频单站无源定位问题的可观测性和定量的可观测性，并对近年来这一领域的相关文献的分析方法和结论进行评述。
师尚礼
《中国工程科学》 2023年 第25卷 第4期 页码 81-91 doi: 10.15302/J-SSCAE-2023.04.016
巨噬细胞在器官移植急性排斥反应中的双重作用 Review
谭亮, 郭易难, 冯畅, 侯仰潇, 谢续标, 赵勇
《工程（英文）》 2022年 第10卷 第3期 页码 21-29 doi: 10.1016/j.eng.2021.10.015
肿瘤特异性环状RNA来源抗原肽被证实存在于肝胆肿瘤中 Article
王文闻, 马莉丽 , 邢政, 苑廷淦, 包金霞, 朱妍静, 赵晓芳, 赵燕, 宗雅丽, 张雅妮, 莘似韵, 邱辛瑶, 杨帅, 王红阳, 高栋, 王鹏, 陈磊
《工程（英文）》 2023年 第22卷 第3期 页码 159-170 doi: 10.1016/j.eng.2022.06.008
由于缺乏经证实具备免疫原性的多肽，基于肿瘤抗原的免疫治疗应用受到限制。在本研究中，利用肝胆肿瘤类器官分析了环状RNA（circRNA）作为肿瘤抗原肽新来源的潜力。使用RNA测序（RNA-seq）和基于算法的评分工具，预测出27 个类器官中3950 个肿瘤特异性circRNA 可翻译18 971 条抗原肽。值得注意的是，来自circTBC1D15 的抗原肽YGFNEILKK不仅可以被HLA-ABC呈递，还能活化T细胞，显著降低肿瘤类器官活率。本研究的发现提供了一种产生肿瘤抗原的重要来源，提示肿瘤特异性circRNA 可作为抗肿瘤靶点。
关键词： 肿瘤抗原 患者来源肝胆肿瘤类器官 环状RNA 基于质谱的免疫肽组学
吕桂帅, 程宁涛, 王红阳
《工程（英文）》 2017年 第3卷 第1期 页码 110-114 doi: 10.1016/J.ENG.2017.01.017
一个多世纪以前，科学家们就首次发现了肿瘤区域中细菌的存在。但是，微生物在肿瘤发生中的作用近年来才被认识到。近几十年来，与肠道菌群失调相关的疾病代表了全世界最严重的一些公共卫生问题。大量的流行病学研究表明，肠道菌群与某些常见肿瘤密切相关。然而，肠道菌群与肿瘤相关联的具体分子机制仍不明确。研究表明，肠道菌群的改变有助于确定肝癌、酒精相关肝病、非酒精性脂肪肝和肝硬化的发生和发展。鉴于益生菌是一种可通过调节免疫系统促进人类健康的药物，其可能会为肝细胞癌(HCC) 和非酒精性脂肪肝的治疗提供新方向。本文总结了肠道菌群在肿瘤及肝病中的研究进展，综述了肠道菌群与肿瘤和肝病之间的关系。此外，考虑到细菌内稳态的重要性，我们也对益生菌进行了概述，旨在为相关疾病的治疗提供指导。
肝脏移植术后糖尿病患者肠道微生物组的变化 Article
凌琪, 韩玉秋, 马越, 王晓森, 朱铮, 王靖宇, 曹佳莹, 林笑含, 王军, 王保红
《工程（英文）》 2023年 第31卷 第12期 页码 98-111 doi: 10.1016/j.eng.2023.09.006
移植后糖尿病（PTDM）会增加肝移植（LT）受者移植失败和死亡的风险。实验研究表明免疫抑制性他克莫司（TAC）介导的肠道生态失调可能导致血糖紊乱，但仍尚未见相关临床研究报道。通过与非 PTDM 和经典II型糖尿病（T2DM）进行对比分析，确定了PTDM患者的肠道微生物组代表性特征为：变形菌门富集和拟杆菌门减少。有趣的是，与改变的微生物代谢产物相一致，这些微生物在PTDM患者中的丰都变化与TAC的剂量显著关联。更进一步，这些微生物标签分子的变化与移植受者的血糖紊乱程度显著有关。 总之，PTDM患者的粪便微生物组和代谢组发生了显著变化，且与 TAC 剂量相关。这项研究是首个探索PTDM患者的细菌分类学组成变化和细菌基因功能变化，以更好地理解IM对PTDM的影响。
一种系统性制造3D打印患者匹配式颅颌面重建植入物的方法 Article
杜如虚, 苏宇雄, 颜瑜, 蔡颖珊, 杨伟发, 张春雨, 陈贤帅, Justin Paul Curtin, 欧阳江林, 张碧涛
《工程（英文）》 2020年 第6卷 第11期 页码 1291-1301 doi: 10.1016/j.eng.2020.02.019
面向热带地区植物修复的植物性状研究 Article
Xiangting Cleo Chen, Liling Huang, Tze Hsien Agnes Chang, Bee Lian Ong, Say Leong Ong, Jiangyong Hu
《工程（英文）》 2019年 第5卷 第5期 页码 841-848 doi: 10.1016/j.eng.2019.07.019
水是一种有限而宝贵的资源。新加坡的国家水源有4种补给方式，其中之一是自然降水。雨水径流会收集污染物，并将其富集到排水系统和水库中。在有植物存在的情况下，生物滞留系统可以有效去除这些污染物。本文探讨了植物特性对雨水径流中营养性污染物的植物修复作用，并将其应用于生物防护系统中。本地树种的根、叶和总干生物量显示出与硝酸盐去除程度之间的中等至强相关性（r 分别为0.811、0.657和0.727）。速生植物的叶片干生物量与两种污染物的去除程度也显示出中等至强相关性（r 分别为0.707和0.609）。低生长植株的根系生物量与磷的去除有很强的相关性（r = 0.707），但与硝酸盐去除的相关性较弱（r = 0.557）。
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基于人工智能的肺癌NOG/PDX模型驱动基因匹配预测
何雅億, 郭皓越, 刁丽, 陈宇, 朱俊杰, Hiran C. Fernando, Diego Gonzalez Rivas, 祁辉, Chunlei Dai, 汤旭蓁, 朱军, 戴家威, 何侃, Dan Chan, 杨洋
期刊论文
肿瘤特异性环状RNA来源抗原肽被证实存在于肝胆肿瘤中
王文闻, 马莉丽 , 邢政, 苑廷淦, 包金霞, 朱妍静, 赵晓芳, 赵燕, 宗雅丽, 张雅妮, 莘似韵, 邱辛瑶, 杨帅, 王红阳, 高栋, 王鹏, 陈磊
期刊论文
京公网安备 11010502051620号
